A budapesti egyetem Anthropologiai Intézetét1881. szeptemberében alaípították, a világ egyetemi antropológiai intézeteinek sorában ötödikként, Európában pedig negyedikként. Török Aurél 1881. szeptember 8-án kapta meg professzori kinevezését a tanszékre és 1881. októberében kezdte meg egyetemi előadásait, először csak két hallgatónak, Thirring Gusztávnak, a fővárosi Statisztikai Hivatal későbbi igazgatójának és Pápai Károlynak, aki osztyákföldi kutatásaival írta be nevét a hazai antropológiai történetébe. Török előadásai népszerűek voltak, így egyre több hallgatója lett. Az 1900-as évek elején már 200-300 hallgató vett részt az előadásain. Ezek egyike volt Bartucz Lajos, későbbi tanársegédje, majd utóda a katedrán.

Az Intézet alapításának azonban előzményei is voltak. Az antropológia a 19. század második felében még fiatal tudomány volt, mert a “modern” antropológia (biológiai antropológia) története csak 1861-ben kezdődött el, amikor Paul Broca Párizsban megalapította a Párizsi Antropológiai Társaságot. Az antropológia tudomány 1873-ban jelent meg Magyarországon, amikor 1873-ban Jókai Mór lapjában, a Hon-ban Scheiber Sámuel (aki az orvostudomány több ágát os művelte) Trefort miniszterhez írott "Pro Memoria"-jában részletesen kifejtette az antropológia jelentőségét, érvekkel támasztotta alá annak szükségességét, hogy ezt a tudományágat hazánkban is művelni kell. Ennek alapfeltételeként Scheiber három dolgot tartott fontosnak: (1) létesüljön Antropológiai Intézet és Gyűjtemény, (2) alakuljon Antropológiai Társaság, és (3) induljon antropológiai folyóirat. Scheiber javaslata azonban, amelyet 1875-ben megismételt, majd 1876-ban a 8. Nemzetközi Őstörténeti és Embertani Kongresszuson - immár Rómer Flóris és Lenhossék József támogató egyetértésével – is előadott, sajnálatos módon nem kapott érdemi támogatást. Lenhossék József, az egyetem orvoskara Anatómiai Intézetének a professzora végezte az első antropológiai kutatásokat és ő jelentette meg az első antropológiai tárgyú könyvet “Az emberi koponyaisme. Cranioscopia” címmel 1875-ben.

Török Aurél a pesti tudományegyetem kezdte orvosi tanulmányait, amelyeket azonban Bécsben fejezett be 1867-ben. Visszatérve Pestre Jendrassik Jenő tanársegédje lett az Élettani Intézetben, majd 1869-ben nyert magántanári címet “Ébrénytan”-ból és “Szövetfejlődéstan”-ból. Még ebben az évben a kolozsvári Orvossebészeti Tanintézetbe nevezték ki az élettan, a szövettan, az orvosi fizika a kórtan és az igazságügyi orvostan professzorának. A kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem megalapításakor 1872-ben pedig az élettan és a szövettan professzora lett az orvoskaron. 1878-ban a párizsi világkiállításon találkozott Brocával és ekkor támadt fel az érdeklődése az antropológia iránt. Az első antropológiai tárgyú írásai 1879-ben jelentek meg a Természettudományi Közlönyben.

Török Aurél nagy lendülettel fogott hozzá a tanszék szervezéséhez: osteologiai gyűjteményt, demonstrációs anyagokat, mérőeszközöket, könyvtárat stb. kellett teremtenie. Hamarosan hatalmas gyűjtemény, több, mint 10 000 koponya és mintegy 1 000 csontváz alkotta a Török által tervezett Anthropológiai Múzeum anyagát. Kutatásaiban részben a "régi ereklyék" gyűjtésére és feldolgozására, részben az újonnan kialakuló tudományág módszertani kérdéseinek megoldására összpontosította tudását és energiáját. Ő volt az, aki III. Béla királyunk csontmaradványait elsőként vizsgálta. Osteologiai, kraniologiai munkájához szellemes mérőeszközöket tervezett. Számos kraniometriai munkája keretében az elsők egyikeként alkalmazott biometriai módszereket és valószínűségszámítást. Ennek a munkásságnak mintegy betetőzése volt az 1890-ben kiadott 631 oldalas könyve: "Grundzüge einer systematischen Kraniometrie". Ez a munka a kraniometria módszertani kézikönyve, amelyet szerzője az antropológusok, anatómusok, orvosok széles társadalmának szánt. A több, mint 5 000 koponyaméret azonban kissé elriasztotta a kor tudósait, szép elismerések mellett ugyanis éles, sőt gúnyos kritikák is érték őt. Válaszul még tovább igyekezett finomítani módszereit. Joggal illette őt a kortársak jellemzése: Török Aurél valóban "a kraniológiai pesti reformátora" volt. Így betartotta professzori kinevezésekor Trefort Ágoston m. kir. vallás- és közoktatásügyi miniszternek tett ígéretét, hogy "kötelessége lészen ezen új szaktudományt tőle telhetően meghonosítani".

1882-ben indította el Török Aurél nagy reményekkel az "Anthropologiai Füzetek" című szakfolyóiratot, amely első évfolyamának mind a 16 tanulmányát ő maga írta. A folyóirat azonban érdeklődés híján csupán egyetlen kötetet élt meg. Tanítványa, Bartucz Lajos indította újra a folyóiratot 1923-ban, és 1939-ig négy évfolyamot tudott megjelentetni. Az újabb folytatást az 1953/54-ben induló Biológiai Közlemények "Pars Anthropologica"-ja jelentette, amely négy év után önálló "Anthropologiai Közlemények" címmel jelenhetett meg. Az érdem Malán Mihály professzoré volt, aki nagy szakértelemmel szerkesztette a lapot. 1966-ban Nemeskéri János és Eiben Ottó vette át tőle a szerkesztést, majd 1971-től kezdve az akkori szerkesztőnek, Eiben Ottónak sikerült egyre inkább nemzetközivé tennie a folyóiratot, anélkül persze, hogy a biológiai antropológia/humánbiológia "nemzeti tudomány" jellege a legkisebb mértékben is háttérbe szorult volna.

Török Aurél 1912-ben bekövetkezett halála után az 1912-1913-as tanévben nem volt az egyetemen antropológiai előadás, a tanszékre pedig Koch Antal geológus személyében helyettes igazgatót nevezték ki. A következő tanévben (1913-1914) Lenhossék Mihály, aki édesapja Lenhossék József után szintén professzora lett az Anatómiai Intézetnek, kapott 1919-ig ugyancsak helyettes igazgatói megbízást az Intézet vezetésére. 1913 és 1917 között Lenhossék Mihály, 1917 és 1920 között Lenhossék Mihály, Bartucz Lajos és Hillebrand Jenő tartották az előadásokat. A hallgatók létszáma magas volt, hiszen az 1913-1914-es tanévtől az 1919-1920-as tanévvel bezárólag összesen 1998-an hallgatták az antropológiai előadásokat. Lenhossék Mihály időszakában négy egyetemi doktori értekezés készült a tanszéken, és három volt hallgató kapott magántanári képesítést. A doktoranduszok elsősorban osteologiai témákat választottak.

Bartucz 1914-ben az Emberméréstanból lett magántanár. Hillebrand 1915-ben "A kőkori emberről különös tekintettel a diluvium emberére", Kadic Ottokár pedig 1917-ben "Karsztgeológia és a gerincesek őslénytana" címmel készített munkája alapján kapta meg ugyanezt a címet. Az első világháború alatti időszakra Bartucz feljegyzései szerint "fellendülés, a hallgatók számának gyarapodása, jó előadások, gyakorlatok, kapcsolat az orvostanhallgatókkal, bizonytalanság a jövő iránt, a tanszék elkapcsolási terve" volt jellemző.

Az 1919-1920-as tanévben hallgatta az antropológiai előadásokat Malán Mihály, a kolozsvári, majd a debreceni egyetem későbbi antropológus professzora.

Bartucz Lajos már első éves egyetemista korában érdeklődést mutatott az antropológia iránt és Török mellett 1904-ben megbízott tanársegéd lett. Török halála után Lenhossék mellett dolgozott a tanszéken. Tudományos érdeklődése széleskörű volt, az 1908-ben megjelent doktori értekezését követően 1920-ig 45 közleménye jelent meg. Ezekben átfogva csaknem az egész antropológia területét vagy a feltárt leletekről, vagy az élő magyarság és a gyermekek tanulmányozásáról, vagy az ősember problémájáról írt.

1920-ban a tanszék megbízott vezetője Méhely Lajos lett…. Az 1920 és 1930 közötti időszak a tanszék számára az egyik legkritikusabb korszak volt. 1920 és 1923 között Tóth Zsigmond anatómus professzor tartotta az előadásokat, majd miután a pécsi egyetemre nevezték ki, az 1924-1925. tanév első felében nem volt hivatalosan embertani előadás. E tanévtől kezdve Malán Mihály, az 1928-1929-es tanévtől pedig Gáspár János, (mint fizetés nélküli adjunktus) tartották az előadásokat. 1920 és 1929 között összesen 373 hallgatója volt a tanszéknek. Az események ily módon való alakulásában minden valószínűség szerint szerepe volt Méhely szélsőséges fajbiológiai szemléletének és tevékenységének. Igazgatása alatt mindössze két egyetemi doktori értekezés készült, antropológiából pedig senki nem ért el magántanári minősítést.

Ennek az időszaknak a tanszéki munkájáról Bartucz a következőket jegyezte fel: "Tudományos kutatások süllyedése, elfogult, szélsőséges faji előítélet" jellemezte a kutatás irányát. Méhelyről a következőket írta: "Amilyen jó herpetológus, olyan rossz antropológus. Kevés volt az antropológiai tárgyi tudása, nem ismerte jól a primates morfológiáját, sem az ősemberleleteket. Ehhez járult szélsőséges elfogultsága, a Gobineauizmus alapján állott, üldözte az ellenkező véleményeken lévőket." A tanszéken folytatott kutatások meglehetősen egyoldalúak, Méhely célkitűzéseinek megfelelőek és a tanszék korábbi kutatásaitól távolállók voltak. Ennek a hatását csak bizonyos mértékben tudták ellensúlyozni Malán 1926-tól kezdett vizsgálatai, melyek részben a régészek által feltárt temetők embertani anyagára, részben az egyetemi hallgatók és tanoncok testi fejlettségének tanulmányozására irányultak.

Az 1920 és 1930 közötti időszak másik eseménysorozata szorosan összefügg Bartucz nevével. Őt 1920 szeptemberében megfosztották egyetemi adjunktusi állásától. 1921-ben a Magyar Nemzeti Múzeum Néprajzi Osztálya teremtett számára lehetőséget Jankó János antropológiai hagyatékának rendezésére, valamint, hogy hazánk különböző vidékein embertani vizsgálatokat végezzen és folytathassa a régészek által feltárt leletek gyűjtését. 1926-ban Bartucz felemelte szavát Méhely és mások fajbiológiai nézetei ellen, amikor a róla készült riport "Tudományos kutatásokat nem szabad a politika és a félremagyarázott fajvédelem szolgálatába állítani" címmel jelent meg a Magyar Hírlapban. Ebben leszögezte, hogy "Nincs magyar típus és magyar faj, mint ahogy nincs indogermán vagy német rassz sem".

1931-ben Bartucz újra megbízást kapott egyetemi előadások tartására, hatásköre azonban gyakorlatilag nem volt és a tanszék fejlesztésére sem volt lehetősége, így a következő évek során a fiatal antropológus generáció nevelésére fordított nagyobb figyelmet. Az 1932/1933 tanévtől kezdve az 1938/1939-es tanévvel bezárólag a tanszék helyettes igazgatója Paál Árpád, a neves növényfiziológus volt. Személyében a tanszék élére ismét nem antropológus szakember került. Megbízott előadói minőségben Bartucz tartotta az előadásokat. Mellette az 1932/1933-es tanévtől az 1938/1939-es tanévig Malán Mihály működött tanársegédként. Az 1935/1936-es tanévtől ugyancsak az említett időszak végéig Lipp Imre, 1936/1937-ben Stein Erzsébet, 1937 és 1939 között Allodiatoris Irma voltak díjtalan gyakornokok a tanszéken. Az 1933/1934-es tanévtől kezdve a később antropológusként működő Lipták Pál, Allodiatoris Irma, Lipp Imre, Stein Erzsébet, az 1934/1935-ös tanévtől Nemeskéri János, Fehér Miklós, Bottyán Olga voltak Bartucz előadásának hallgatói. Tíz év alatt öt egyetemi doktori értekezés készült a tanszéken és 1937-ben habilitálta a budapesti egyetem (Pázmány Péter Tudományegyetem) Malán Mihályt magántanárává.

1938-ban megjelent Bartucz "A magyar ember" című munkája, amelyben összefoglalta mindazokat az ismereteket, amelyeket addig az élő magyarságra és a feltárt leletekre vonatkozóan a hazai antropológusok publikáltak. 1940-ben jelentette meg "Fajkérdés, fajkutatás" című könyvét, melyben egyértelműen állást foglalt az emberiség faji egysége mellett mindazokkal szemben, akik a "fajbiológia" hirdetésével igyekeztek az emberiség megosztottságát elhitetni.

1940/1941-es tanévben Entz Gézát bízták meg a tanszék vezetésével, akit az 1943/1944 és az 1944/1945-ös tanévekben ebben a minőségben Papp Károly geológus professzor váltott fel. Bartucz Lajosnak a szegedi egyetem Embertani Tanszéke professzorává 1940-ben történt kinevezése után új oktatók kerültek a tanszékre, így 1940-től tanársegédként Fehér Miklós, aki azután 1963-ig volt a tanszék munkatársa és elsősorban származásmegállapítási vizsgálatokkal foglalkozott. "Szünetelő tanszéket ellátó megbízott előadói" minőségben Hillebrand Jenő és Kadič Ottokár tartották még az előadásokat.

Az 1950-es években a tanszék nehéz körülmények között működött, lényegében egyetlen kinevezett oktatója volt Fehér Miklós személyében. 1956-ban jelent meg Farkas Józseffel társszerzőségben "Szakértői bizonyítás a származásmegállapítási és a gyermektartási perekben" című könyve. Fehér céljai voltak: a gyermekek testi fejlődéséhez országos érvényű normaértékek meghatározása, a jelenkori magyarság embertani jellemzőinek meghatározása, valamint humángenetikai és fiziológiai jellemzők figyelembevételének bevezetése az antropológiai kutatásokba.

1959-ben Bartucz Lajost tanszékvezető egyetemi tanárnak nevezték ki az Eötvös Loránd Tudományegyetem Embertani Tanszékére. Ezáltal 47 évvel Török Aurél halálát követően ismét antropológus professzor lett a korábbi Anthropologiai Intézet vezetője. Bartucz a tanszéken folytatta a Szegeden megkezdett kutatásait, elsősorban azonban a különböző történeti korokból származó leletek paleopatológiai vizsgálatára helyezte a súlyt. Különösen érdeklődött a trepanációk iránt, de torzított koponyákon is folytatott vizsgálatokat.

1963-ban nevezték ki adjunktusnak a tanszékre Eiben Ottót, aki Bartucz halála után gyakorlatilag a tanszék oktató- és kutatómunkáját irányította. 1965 és 1971 között a tanszék adminisztratív irányítója az Állatrendszertani Tanszék professzora, Dudich Endre, majd Dudich halála után 1974-ig Balogh János volt. 1974-től Eiben Ottó kapott megbízást a tanszék vezetésére. Vezetésével kialakítottak egy szomatometriai laboratóriumot. A hetvenes évek elején új irányt vett az oktatási tematika, programba vették a humángenetika, a humánökológia, a speciális humánbiológia oktatását. Horváth László a klinikai genetikát, Lengyel Imre a paleoszerológiát és paleobiokémiát, Éry Kinga a paleoantropológiát oktatta. Az 1990/1991-es tanévben megkezdődött a humánbiológus/antropológus posztgraduális szakképzés három éves oktatás keretében főiskolai és egyetemi diplomával rendelkezők részére. A posztgraduális képzés hat féléve alatt a hallgatók intenzív képzést kapnak a biológiai antropológia valamennyi területére és a kapcsolódó természet- és társadalomtudományokból.

A tanszék munkatársainak a létszáma is bővült. 1966-ban fejezte be a tanulmányait a Természettudományi Kar biológia-antropológia szakán Gyenis Gyula és ekkor gyakornokként, majd tanársegédként, adjunktusként, docensként, 1999-től pedig egyetemi tanárként folytatja munkáját, 1996-tól, mint a tanszék vezetője. Bodzsár Éva a kar biológia-kémia szakán végzett 1970-ben és 1972 óta dolgozik teljes állásban, jelenleg egyetemi tanárként. Eiben Ottó, mint egyetemi tanár 2001-ben nyugdíjba vonult, de 2002. december 31-ig mint tudományos tanácsadó folytatta munkáját. Eiben Ottó 2004. november 16-án, életének 74. évében hunyt el. 2001-ben került a tanszékre a szintén biológia-kémia szakot végzett Zsákai Annamária tanársegédként.

Az 1970-es évek közepétől kezdve többen (Vágó Ildikó, Kardos Ildikó, Susa Éva, Pápai Júlia) dolgoztak kinevezettként, vagy végezték a tudományos fokozat megszerzésére irányuló kutatómunkájukat a tanszéken.

A tanszék munkatársai vezető szerepet játszanak a hazai és az európai biológiai antropológia szervezeteiben és vezető testületeiben, valamint a hazai és nemzetközi folyóiratok szerkesztő bitzottságaiban. Ugyancsak fontos szerepet játszanak az 1993-ban bevezetett új tudományos minősítési rendszer feladatainak az ellátásában is.